選擇何種玉米育種方法，直接影響了玉米育種的效率和結(jié)果，而選擇育種方法不僅要結(jié)合個人經(jīng)驗和條件，還要結(jié)合材料的特點。首先，采用群體改良的輪回選擇方法。群體改良中較常用的方法就是輪回選擇法，從理論上來說，只要育種涉及的群體足夠大，就可能選擇到所有滿足目標(biāo)性狀的基因型。但是從事實上來說，可以利用的群體比較很有限，只有不斷淘汰不良基因和選擇有利基因，才可以達(dá)到滿意的目標(biāo)。輪回選擇法避免了有利基因的丟失，也避免了不利基因的攜帶，該方法主要是在一個雜種群體中選擇具有目標(biāo)性狀的個體做出親本進(jìn)行交互重組，當(dāng)其組成一個新群體后，又在這個新群體中鑒定選擇重新進(jìn)入下一輪周期，如此往復(fù)，不斷增加雜種群體中的有利基因，不斷淘汰雜種群體中的不利基因，因而提高了群體的產(chǎn)量效果。其次，采用二環(huán)系育種法。二環(huán)系育種法適用于單交種或者商品雜交種的育種選擇，該方法比較簡單且方便，它主要是用一個單交種連續(xù)多帶自交，選出含有優(yōu)良基因的自交系。但是，因為每一個育種家會結(jié)合自己的需要來選擇單交種，被選中的材料是多樣的，二環(huán)系育種法是不會導(dǎo)致遺傳基礎(chǔ)變窄的。然后，采用單倍體誘導(dǎo)系選育玉米自交系方法。該方法利用自然發(fā)生或人工培育的單倍體植株，經(jīng)過自然和人工加倍獲得純合二倍體植株，再進(jìn)行選育自交系，這種方法既提高了選育的效率，也加快了選育進(jìn)程，是非常重要的玉米選育方法。然后，采用現(xiàn)代生物育種技術(shù)。現(xiàn)代生物育種技術(shù)中比較實用的是分子標(biāo)記和轉(zhuǎn)基因育種技術(shù)。分子標(biāo)記方法主要運用于種子的純度鑒定、種子遺傳多樣性的分析、基因定位、雜種優(yōu)勢預(yù)測、劃分等，大大提高了育種的效率。